Cơ quan điều hành Quỹ gồm Giám đốc Quỹ, các Phó giám đốc Quỹ, các đơn vị chuyên môn, nghiệp vụ và các văn phòng đại diện. Giám đốc Quỹ là đại diện pháp nhân của Quỹ do Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ quyết định bổ nhiệm, miễn nhiệm trên cơ sở đề nghị của Hội đồng quản lý Quỹ. Phó giám đốc Quỹ do Giám đốc Quỹ đề nghị, Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ quyết định bổ nhiệm, miễn nhiệm.

1. Giám đốc Quỹ là đại diện pháp nhân của Quỹ, có những nhiệm vụ, quyền hạn sau đây:

• Tổ chức, điều hành và quản lý các hoạt động của Cơ quan điều hành Quỹ theo quy định của Điều lệ Quỹ và các quyết định của Hội đồng quản lý Quỹ;
• Quản lý nhân sự, tài sản và vốn của Quỹ;
• Quyết định bổ nhiệm, miễn nhiệm trưởng, phó đơn vị chuyên môn, nghiệp vụ, Văn phòng đại diện của Quỹ;
• Được tham gia các phiên họp của Hội đồng quản lý Quỹ, được tham gia ý kiến về các nội dung mà Hội đồng quản lý Quỹ thảo luận, nhưng không được biểu quyết.

2. Phó giám đốc Quỹ giúp Giám đốc Quỹ thực hiện các nhiệm vụ theo sự phân công.
3. Các đơn vị chuyên môn, nghiệp vụ và văn phòng đại diện của Quỹ do Hội đồng quản lý Quỹ và Giám đốc Quỹ thống nhất đề nghị, Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ quyết định
.