Tạo dựng môi trường nghiên cứu thuận lợi, theo chuẩn mực quốc tế nhằm nâng cao năng lực khoa học và công nghệ quốc gia, bao gồm nâng cao chất lượng nghiên cứu và phát triển nguồn nhân lực khoa học và công nghệ trình độ cao.

• Nâng cao chất lượng nghiên cứu khoa học, tăng cường chất lượng và số lượng kết quả nghiên cứu khoa học được công bố quốc tế, tạo dựng môi trường nghiên cứu khoa học thuận lợi, thúc đẩy hoạt động nghiên cứu khoa học trong các trường đại học và viện nghiên cứu.
• Phát triển năng lực nghiên cứu của các nhà khoa học, hình thành các tập thể nghiên cứu mạnh có năng lực nghiên cứu ở trình độ quốc tế, hỗ trợ các nhà khoa học trẻ bắt đầu sự nghiệp nghiên cứu, hỗ trợ kết nối mạng lưới trong các lĩnh vực nghiên cứu.
• Thúc đẩy hợp tác quốc tế trong nghiên cứu khoa học, hỗ trợ trao đổi học thuật giữa các nhà khoa học Việt Nam và quốc tế, thu hút các nguồn lực nước ngoài tài trợ cho nghiên cứu khoa học của Việt Nam.
• Tập trung nguồn lực tài trợ nghiên cứu cơ bản, đảm bảo sự phát triển của các lĩnh vực nghiên cứu. Bố trí nguồn lực cho nghiên cứu ứng dụng và triển khai ứng dụng kết quả vào thực tiễn, thúc đẩy đăng ký sở hữu trí tuệ kết quả nghiên cứu.

• Tài trợ nghiên cứu cơ bản, nghiên cứu ứng dụng, nhiệm vụ đột xuất, tiềm năng.
• Hỗ trợ hoạt động nâng cao năng lực khoa học và công nghệ quốc gia.
• Cho vay, bảo lãnh vốn vay ứng dụng kết quả nghiên cứu vào thực tiễn.
• Cấp kinh phí thực hiện nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp quốc gia.

Quỹ hoạt động theo mô hình Quỹ khoa học quốc gia phổ biến trên thế giới với nhiệm vụ thúc đẩy hoạt động nghiên cứu khoa học của đất nước, trong đó chú trọng nâng cao chất lượng nghiên cứu và phát triển nguồn nhân lực KH&CN. Cơ chế hoạt động của Quỹ được thiết lập theo chuẩn mực quốc tế và phù hợp với môi trường, nguồn lực KH&CN của Việt Nam.

Nguyên tắc hoạt động của Quỹ đảm bảo tính khách quan và chất lượng đối với hoạt động tài trợ, hỗ trợ:

• Xem xét tài trợ, hỗ trợ công khai, dân chủ, bình đẳng.
• Đánh giá khoa học thông qua Hội đồng KH&CN, chuyên gia tư vấn độc lập.
• Quản lý chất lượng nghiên cứu theo chuẩn mực quốc tế.
• Tài trợ, hỗ trợ thực hiện các nhiệm vụ KH&CN cấp quốc gia và tương đương do tổ chức, cá nhân đề xuất.

Về cơ chế quản lý khoa học, Quỹ thiết lập phương thức quản lý nhằm đảm bảo chất lượng nghiên cứu đạt trình độ quốc tế:

• Đánh giá khoa học: Áp dụng các chuẩn mực, thông lệ quốc tế trong đánh giá chất lượng nghiên cứu khoa học. Năng lực nhóm nghiên cứu, kết quả nghiên cứu khoa học được đánh giá dựa trên các công trình đăng tạp chí khoa học quốc tế (danh mục tạp chí ISI), các văn bằng bảo hộ quyền sở hữu công nghiệp (bằng sáng chế, giải pháp hữu ích).
• Đánh giá hồ sơ: Các đề xuất với Quỹ được đánh giá, xem xét tài trợ, hỗ trợ hoàn toàn thông qua hồ sơ để đảm bảo tính khách quan và công bằng giữa các nhóm nghiên cứu. Đánh giá thông qua hồ sơ cũng áp dụng đối với đánh giá định kỳ, đánh giá kết quả thực hiện đề tài. Việc không phải tham gia trong quá trình đánh giá đề xuất, đánh giá kết quả thực hiện giúp giảm bớt thời gian, kinh phí đối với các nhóm nghiên cứu đăng ký và thực hiện đề tài do Quỹ tài trợ, giảm thủ tục tổ chức đánh giá, xem xét tài trợ, đánh giá thực hiện. Cơ chế này đặc biệt có tác dụng và hỗ trợ được các nhóm nghiên cứu tại các địa phương.
• Chuyên gia đánh giá: Sử dụng các chuyên gia và hội đồng khoa học có năng lực khoa học xuất sắc, kết quả nghiên cứu được công bố trên các tạp chí khoa học uy tín. Các Hội đồng khoa học chuyên ngành được thành lập trên cơ sở giới thiệu/bầu chọn của các nhà khoa học trong cùng lĩnh vực để lựa chọn được những nhà khoa học uy tín, đảm bảo tính khách quan trong hoạt động đánh giá khoa học. Đánh giá chuyên sâu (phản biện) đối với các hồ sơ đề xuất và kết quả nghiên cứu được thực hiện bởi các nhà khoa học trong và ngoài nước trong cùng lĩnh vực nghiên cứu (chuyên gia).
• Điều kiện tài trợ: Nhóm nghiên cứu phải có kết quả nghiên cứu phù hợp với kết quả đăng ký của đề tài. Điều kiện đối với đề xuất muốn nhận được tài trợ thì chủ nhiệm đề tài phải có thành tích nghiên cứu thể hiện thông qua kết quả công bố (bài báo khoa học, văn bằng sở hữu trí tuệ) trong thời gian liền trước (trong 5-7 năm) phù hợp với yêu cầu về sản phẩm khoa học của đề tài. Kết quả nghiên cứu của các thành viên của nhóm nghiên cứu cũng được xem xét để đánh giá khả năng thực hiện nghiên cứu đề xuất. Cơ chế này giúp tăng tính khả thi của đề tài, đồng thời là tiêu chí định lượng, minh bạch cho việc đánh giá, xem xét tài trợ.
• Nội dung tài trợ: Kinh phí được Quỹ hỗ trợ, đặc biệt là đối với các chương trình nghiên cứu (nghiên cứu cơ bản, ứng dụng, đột xuất, tiềm năng), được tập trung cho các hoạt động trực tiếp của đề tài như công lao động khoa học, nguyên vật liệu và các hoạt động của đề tài (hội thảo, điều tra, khảo sát). Kinh phí đối với mua sắm thiết bị, dụng cụ, đoàn ra hợp tác nghiên cứu được hạn chế tối đa (kinh phí hỗ trợ nhà khoa học đi nước ngoài thực hiện thí nghiệm, thực tập nghiên cứu liên quan đến nội dung đề tài có thể được hỗ trợ thông qua chương trình nâng cao năng lực KH&CN quốc gia).
• Quy mô tài trợ: Quy mô các chương trình tài trợ, hỗ trợ thực hiện theo trung hạn và gắn với kết quả thực hiện giai đoạn trước. Số lượng đề tài và kinh phí của các chương trình được dự toán theo trung hạn (kế hoạch 5 năm) nhằm đảm bảo quy mô tài trợ, hỗ trợ theo lộ trình phù hợp. Quy mô thực hiện đối với các chương trình tài trợ, hỗ trợ cũng phụ thuộc vào kết quả thực hiện trước đó. Ví dụ đối với chương trình NCCB trong KHTN&KT, số lượng các đề tài do HĐKH đề xuất phụ thuộc vào kết quả thực hiện của các ngành trong thời gian 3-4 năm gần nhất (số lượng đề nghị tài trợ có thể cắt giảm nếu kết quả thực hiện thấp để đảm bảo chất lượng và hiệu quả tài trợ).
• Thủ tục tài trợ: Thủ tục thuận lợi và minh bạch là yêu cầu quan trọng, tạo điều kiện và khuyến khích các nhà khoa học tham gia các chương trình tài trợ, hỗ trợ. Quỹ đã chú trọng xây dựng và thực hiện các thủ tục hành chính, biểu mẫu tài liệu đăng ký và thực hiện nhiệm vụ; công bố thông tin tài trợ, hỗ trợ; hệ thống công nghệ thông tin, quản lý nhiệm vụ trực tuyến, cơ sở dữ liệu chuyên gia. Bên cạnh đó, cách thức và thái độ hỗ trợ, xử lý của cán bộ Quỹ cũng đặc biệt quan trọng, tạo thiện cảm, làm nên hình ảnh của Quỹ đối với các nhà khoa học tham gia chương trình tài trợ, hỗ trợ.

Về cơ chế quản lý tài chính, các nhiệm vụ KH&CN do Quỹ tài trợ có thủ tục tài chính tương đối thuận lợi, phù hợp với đặc thù hoạt động KH&CN:

• Kế hoạch tài chính: Tính chất nguồn vốn của Quỹ cho phép dự toán và phê duyệt ngân sách hoạt động năm theo chương trình tài trợ, hỗ trợ. Như vậy, nhiệm vụ KH&CN có thể được đề xuất và bắt đầu thực hiện trong cùng một năm (thực hiện ngay sau khi được phê duyệt), đảm bảo tính thời sự của nghiên cứu.
• Chuyển nguồn ngân sách: Thủ tục thanh quyết toán tài chính, thủ tục cấp kinh phí theo tiến độ, chuyển nguồn kinh phí giữa các năm thuận lợi, phù hợp với tiến độ nghiên cứu.
• Dự toán nhiệm vụ: Phương thức dự toán công lao động đối với đề tài NCCB do Quỹ đề xuất cho phép trả công lao động dựa trên đóng góp (vai trò và thời gian) của các thành viên tham gia nhóm nghiên cứu thay vì dựa trên các kết quả trung gian (phương thức này đã được mở rộng, áp dụng đối với các nhiệm vụ KH&CN được hỗ trợ từ ngân sách nhà nước theo Thông tư Liên tịch số 55/2015/TTLT-BTC-BKHCN).

Với quy định cụ thể, khách quan và theo thông lệ quốc tế, các chương trình tài trợ của Quỹ, đặc biệt là chương trình NCCB đã thu hút được đông đảo các nhà khoa học trong cả nước tham gia. Nhiều nhà khoa học trẻ được đào tạo bài bản ở nước ngoài trở về nước làm việc tại các trường đại học, viện nghiên cứu và tham gia các chương trình tài trợ của Quỹ. Với nguồn vốn được cấp khoảng 1-2% tổng chi Ngân sách cho KH&CN hằng năm, hoạt động của Quỹ có tác động đáng kể đến hoạt động nghiên cứu khoa học của đất nước. Kết quả hoạt động của Quỹ đóng vai trò tích cực, góp tỷ trọng lớn đối với các chỉ số quan trọng về năng lực KH&CN quốc gia như năng suất KH&CN, công bố khoa học, nguồn lực KH&CN.