Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia thực hiện tài trợ các nhiệm vụ khoa học và công nghệ đột xuất, mới phát sinh có ý nghĩa quan trọng về khoa học và thực tiễn; các nhiệm vụ khoa học và công nghệ có triển vọng nhưng có thể có tính rủi ro.
Nhiệm vụ khoa học và công nghệ đột xuất, mới phát sinh, có ý nghĩa quan trọng về khoa học và thực tiễn được Quỹ tài trợ là nhiệm vụ khoa học và công nghệ phát sinh đột xuất trong các lĩnh vực kinh tế, xã hội, an ninh, quốc phòng,.. có tính cấp thiết, nhằm xác định và trả lời về bản chất sự việc, hiện tượng để có biện pháp giải quyết phù hợp; kết quả nghiên cứu phải có hàm lượng khoa học và công nghệ cao, được ứng dụng vào thực tiễn.

Để có cơ sở pháp lý cho việc triển khai tài trợ, hiện tại Quỹ đang xây dựng Quy định tài trợ nhiệm vụ khoa học và công nghệ đột xuất, mới phát sinh.