Ngày 28/8/2014, Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ đã ký Quyết định số 2440/QĐ-BKHCN về việc thành lập Hội đồng quản lý Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ Quốc gia nhiệm kỳ II. Hội đồng gồm 07 thành viên, trong đó Chủ tịch Hội đồng là Thứ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ Trần Quốc Khánh.
Ngày 11/10/2014, tại Nhà khách Bộ Quốc phòng, Hội đồng quản lý Quỹ đã tiến hành họp phiên thứ nhất với sự tham dự của Ban Lãnh đạo Cơ quan điều hành Quỹ.

Hội đồng quản lý Quỹ tại phiên họp thứ nhất

Tại buổi làm việc, Hội đồng đã nghe Giám đốc Cơ quan điều hành Quỹ Đỗ Tiến Dũng trình bày báo cáo về kết quả hoạt động của Quỹ năm 2013, kế hoạch và một số kết quả hoạt động của Quỹ trong năm 2014. Dưới sự điều hành của Chủ tịch Trần Quốc Khánh, Hội đồng sau đó đã tập trung thảo luận về Quy chế làm việc của Hội đồng quản lý Quỹ và một số nhiệm vụ trọng tâm của Hội đồng trong thời gian tới.

Ngày 22/10/2014, Hội đồng quản lý Quỹ đã tiếp tục họp phiên thứ hai. Phiên họp diễn ra dưới sự chủ trì của Chủ tịch Hội đồng quản lý Quỹ Trần Quốc Khánh với sự tham gia của Giám đốc Cơ quan điều hành Quỹ.

Giám đốc Cơ quan điều hành Quỹ Đỗ Tiến Dũng trình bày báo cáo tại phiên họp lần thứ 2 của Hội đồng quản lý Quỹ

Tại phiên họp, Hội đồng đã nghe Giám đốc Cơ quan điều hành Quỹ trình bày báo cáo về việc hoàn thiện Quy chế tổ chức và hoạt động của Hội đồng quản lý Quỹ, Quyết toán tài chính của Quỹ năm 2013. Hội đồng quản lý Quỹ cũng đã xem xét các nhiệm vụ khoa học và công nghệ do Quỹ tài trợ và hoạt động bảo lãnh vốn vay của Quỹ. Hội đồng đã thảo luận, đưa ra góp ý cho các vấn đề được báo cáo và có ý kiến chỉ đạo đối với các nhiệm vụ của Quỹ trong thời gian tới, đồng thời thông qua Nghị quyết phiên họp lần thứ hai của Hội đồng.