Sứ mệnh 
Tạo dựng môi trường nghiên cứu thuận lợi, theo chuẩn mực quốc tế nhằm nâng cao năng lực khoa học và công nghệ quốc gia, bao gồm nâng cao chất lượng nghiên cứu và phát triển nguồn nhân lực khoa học và công nghệ trình độ cao.

Chức năng
–  Tài trợ nghiên cứu cơ bản, nghiên cứu ứng dụng, nhiệm vụ đột xuất, tiềm năng.
–  Hỗ trợ hoạt động nâng cao năng lực khoa học và công nghệ quốc gia. Hỗ trợ tín dụng, cấp kinh phí ứng dụng kết quả nghiên cứu và phát triển, nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp quốc gia.

Định hướng chiến lược
–  Nâng cao chất lượng nghiên cứu khoa học, tăng chất lượng và duy trì số lượng kết quả nghiên cứu khoa học do Quỹ tài trợ được công bố quốc tế. Đảm bảo vai trò chủ chốt của nhà khoa học Việt nam trong các công trình khoa học do Quỹ tài trợ. Thúc đẩy hoạt động nghiên cứu khoa học trong các trường đại học và viện nghiên cứu, tạo dựng môi trường nghiên cứu có tính liên tục và kế thừa.
– Phát triển năng lực nghiên cứu của các nhà khoa học; hình thành các tập thể nghiên cứu mạnh có năng lực nghiên cứu ở trình độ quốc tế; hỗ trợ các nha khoa học trẻ bắt đầu sự nghiệp nghiên cứu, nuôi dưỡng tài năng nghiên cứu trẻ; hỗ trợ kết nối mạng trong các lĩnh vực nghiên cứu.
–  Thúc đẩy hợp tác quốc tế trong nghiên cứu khoa học, hỗ trợ trao đổi học thuật giữa các nhà khoa học Việt Nam và quốc tế, thu hút các nguồn vốn nước ngoài tài trợ cho nghiên cứu khoa học của Việt Nam.
– Tập trung nguồn lực tài trợ nghiên cứu cơ bản, đảm bảo sự phát triển của các lĩnh vực nghiên cứu. Bố trí nguồn lực cho nghiên cứu ứng dụng và triển khai ứng dụng kết quả vào thực tiễn, phục vụ phát triển kinh tế – xã hội.
– Xây dựng các chương trình tài trợ, hỗ trợ với mục tiêu và chỉ số thực thi cụ thể, đảm bảo hiệu quả nguồn kinh phí sử dụng. Nâng cao năng lực của quản lý, điều hành của Quỹ, bao gồm nâng cao năng lực cán bộ, quy trình hóa, tin học hóa quy trình nghiệp vụ.